Zwischen Bugenhagen und Luther entspann sich rasch ein enges Vertrauensverhältnis. Luther sicherte ihm eine Stellung in der Stadtkirche zu Wittenberg. Bugenhagen entschloss sich zum Bruch mit der römischen Kirche, verwarf das Zölibatsgelübde und heiratete 1522. Später traute er Luther und Katharina von Bora. Der Sendbrief an die Treptower Schüler, der das Studium von Luther-Schriften voraussetzt, widmet sich der Rechtfertigung der Unfrommen. Gemeinsam mit Melanchthon gab Bugenhagen 1528 eine Anleitung für Pfarrherren im Kurfürstentum Sachsen heraus, in der Lehre, Sakrament, Kirchenbesuch, Eheangelegenheiten und Schulunterricht festgelegt wurden.
Braunschweig, Hamburg, Lübeck, aber auch die Herzöge von Pommern-Stettin und Pommern-Wolgast beauftragten Bugenhagen daraufhin mit der Neuordnung des Evangelischen Kirchenwesens. Später reformierte er die kirchlichen Verhältnisse in Dänemark, Norwegen und den dazugehörigen Herzogtümern Schleswig und Holstein. Während dieser Zeit hielt er täglich Vorlesungen an der von ihm neu eröffneten Universität in Kopenhagen, deren Rektor er 1538 wurde.
1529 hatte Bugenhagen die protestantische Lehranstalt Johanneum in Hamburg gegründet, heute eines der drei humanistischen Gymnasien der Stadt. Er erreichte, dass Vergil, Ovid und Cicero in das Lernpensum der Schüler aufgenommen wurden und sorgte für einen zentralen Standort der Schule. Seine theologischen Thesen sind teilweise umstritten. In den Augen vieler Forscher gilt er noch immer als der „minder bedeutende Gehülfe“ Luthers, so dass es bis heute keine kritische Bugenhagen-Ausgabe gibt. Am 20. April jährt sich der Todestag Bugenhagens zum 450. Mal. …
Heike Schmoll, Frankfurter Allgemeine Zeitung v. 3.4.2008